在留資格の更新手数料2026年改定｜企業の負担額と対策

2026年10月から、外国人社員の在留資格を更新する際に入管へ納める手数料が大きく変わります。これまで一律6,000円だった負担が、最大で10倍以上になる見込みです。

この記事では、改定後の金額、在留資格ごとの年間負担額の試算、そして9月中に中小企業が取るべき対応を整理します。数字を自社に当てはめて判断できる形でお伝えします。

※本記事は2026年8月時点の情報に基づいています。

在留資格の更新手数料は2026年10月からいくらになる？

結論として、現在一律6,000円（オンライン申請は5,500円）の手数料が、許可された在留期間の長さに応じた段階制に変わります。窓口申請で10,000円から75,000円の幅です。施行予定日は2026年10月1日です。

対象となるのは在留資格変更許可申請と在留期間更新許可申請、そして永住許可申請の3つです。

新旧手数料の早見表

3月以下の区分を除き、オンライン申請のほうが安く設定されています。

金額・施行日・適用の基準は、政令および出入国在留管理庁（Immigration Services Agency of Japan）の公表内容が最終的な根拠です。申請前に必ず出入国在留管理庁の手数料案内ページをご確認ください。

「ビザ」と「在留資格」はどう違う？

検索では「ビザ更新」という言葉がよく使われますが、正確には別の制度です。

査証（ビザ／Visa）とは、海外の日本大使館・領事館が発給する入国推薦のことです。これに対し在留資格（Status of Residence）とは、外国人が日本で行える活動の類型を定めたもので、出入国在留管理庁が扱います。

今回改定されるのは在留資格に関する手数料です。以降は「在留資格」で統一します。

なぜ値上げされるのか｜改正から施行までの流れ

背景にあるのは、2026年に成立した改正入管法です。手数料の水準は1981年以来据え置かれており、今回は約45年ぶりの本格的な見直しとなります。

制度が動いた順序は次のとおりです。

1. 2025年4月1日　手数料が4,000円から6,000円へ改定（オンラインは5,500円）
2. 2026年5月29日　改正入管法が成立（同年6月5日公布・令和8年法律第32号）
3. 2026年7月3日〜8月2日　実額を定める政令案のパブリックコメント実施
4. 2026年8月25日　政令を閣議決定（報道による）
5. 2026年10月1日　施行予定
   パブリックコメントは果たして意味があったのか・・・正直、疑義が残りますね。

「法定上限」と「実際に払う額」は別物です

ここは混同されやすい点です。改正入管法が定めたのは上限額のみで、変更・更新が10万円、永住許可が30万円です。

実際に徴収する金額は、その範囲内で政令が定めます。前掲の表は政令で定められる実額です。「更新が10万円になる」という情報を見かけたら、それは上限額の話だとお考えください。

根拠は入管法第20条（在留資格の変更）、第21条（在留期間の更新）、および手数料を定める第67条関係の規定です。条文はe-Gov法令検索で確認できます。

まず確認｜手数料がかかる手続き・かからない手続き

自社がどの手続きに該当するかで、影響の受け方が変わります。次の4分岐で確認してください。

• 海外から呼び寄せる → 在留資格認定証明書交付申請（Certificate of Eligibility）。手数料はかかりません
• 日本にいる人を別の資格へ切り替える → 在留資格変更許可申請。改定の対象
• 同じ資格を延長する → 在留期間更新許可申請。改定の対象
• 今の資格のまま別の業務も行う → 資格外活動許可

留学生を新卒採用する場合は「留学」から「技術・人文知識・国際業務」への変更にあたるため、改定の対象です。一方、海外から直接呼び寄せる採用は認定証明書の段階では負担が生じず、入国後の初回更新から対象になります。

【試算】在留資格別に年間負担額はどう変わる？

負担の重さは「金額」ではなく「更新の頻度」で決まります。以下は窓口申請を前提とした1名あたりの試算です。

在留期間が短いほど、期間あたりの負担は重くなります

表のとおり、1回の金額が最も高いのは5年許可の75,000円です。しかし年あたりに直すと約15,000円で、最も軽くなります。

逆に、特定技能1号で4月の在留期間を繰り返すと年3回の更新が必要となり、年54,000円に達します。5年許可の約3.6倍です。

特定技能1号を10名受け入れ、全員が1年更新の場合、年間の手数料は330,000円です。現行なら60,000円ですから、年27万円の増加となります。家族滞在の配偶者を帯同していれば、その分も加算されます。

2026年9月30日までなら旧手数料？適用の分かれ目

前回2025年4月の改定では、申請の「受付日」が基準とされました。改定日前に受け付けられた申請は、許可が改定日以降になっても旧手数料が適用されています。

今回も同様の扱いとなる可能性がありますが、最終的な適用基準は政令および入管庁の案内で確定します。

2026年8月28日に以下の案内がでました。
※令和８年９月３０日までに行われた申請に対する許可については、当該申請に係る許可が令和８年１０月１日以降となっても、改定前の手数料の額を納付することとなりますので御留意ください。
出入国在留管理庁HP参照　https://www.moj.go.jp/isa/01_00644.html

更新申請には「3か月前ルール」があります

「急いで9月中に出せばよい」と考えたくなりますが、更新申請には時期の制限があります。

• 在留期間更新許可申請：6か月以上の在留期間を有する方は、満了のおおむね3か月前から申請できます
• 在留資格変更許可申請：変更の事由が生じたときから満了日以前であれば、時期の下限はありません

つまり、在留期限が2027年1月以降の社員は、2026年9月中に更新申請を行うことができません。この層は改定後の手数料が前提になります。

なお入管庁は、在留期間内に処分を受けることを希望する場合、満了の3か月前から45日前までの申請に努めるよう案内しています。
※東京入管では、在留期限の3ヶ月前に在留期間更新申請をしたとしても、結果通知が在留期限ギリギリになることが頻発しているので、東京入管での申請においては参考にならないかもしれません。

中小企業が9月中にやるべき4つの準備

コストの話に見えて、実質は人事管理体制の見直しです。次の順番で進めてください。

1. 在留期限の一覧を作る　
   氏名・在留資格・在留期間・在留期限・家族帯同の有無を一覧化します。誰が9月中に動けるかは、これがないと判別できません
2. 費用の負担者を明文化する　
   手数料を会社と本人のどちらが負担するかに法令上の定めはありません。雇用契約書や社内規程で先に決めておきます
3. オンライン申請の体制を整える　
   3月以下の区分を除き、オンラインのほうが安く、来庁の手間も省けます
4. 長い在留期間が許可されやすい体制を整える　
   次章で詳しく説明します。これが最も効果の大きい対策です

採用計画への影響を先に潰しておきませんか
在留期限の一覧さえあれば、「9月中に動ける社員」と「動けない社員」はその場で切り分けられます。手数料の増額分を含めた来年度の人件費見込みも同時に出せます。
あなたの会社の外国人社員が9月中に申請できるか、まずは無料でご確認ください。

最大のコスト対策は「長い在留期間」を得ること

段階制では、1回の金額は在留期間が長いほど高くなります。しかし更新回数が減るため、期間あたりの負担も手続きの手間も軽くなります。

在留期間の判断は入管の裁量にゆだねられており、申請すれば長い期間が出るというものではありません。ただし、判断材料となる要素は実務上ある程度明らかです。次の3軸で自社の状況を点検してください。

①本人の要件

• 住民税・所得税を期限内に納付しているか（未納・滞納は在留期間の判断に影響します）
• 公的医療保険・年金に適正に加入し、保険料を納めているか
• 素行に問題がないか（交通違反の反復も評価対象となり得ます）
• 職務内容が、学歴・専攻または実務経験と関連しているか
• 各種届出義務を履行しているか

②受入機関（所属機関）の要件

• 事業に継続性・安定性があるか（決算内容、事業規模）
• カテゴリー区分がどこに該当するか
• 雇用条件が日本人と同等以上か、労働関係法令を遵守しているか
• 特定技能であれば、支援計画の実施状況や各種届出が適正に行われているか

③立証に必要な資料

要件を満たしていても、それが書面から読み取れなければ審査には反映されません。何をもって疎明するかが実務の核心です。

• 雇用契約書・労働条件通知書（職務内容の記載が具体的か）
• 会社概要、決算文書の写し、法定調書合計表
• 卒業証明書・成績証明書、実務経験証明書
• 住民税の課税証明書・納税証明書
• 業務内容を説明する理由書（任意提出ですが、実務上は重要です）

書類が揃っている＝許可される、ではありません。
入管の審査は裁量の幅が広く、形式的に要件を満たしていても不許可となる場合があります。

現場での注意点｜1年しか出ない典型パターン

実務でよく見るのは、次のようなケースです。

技術・人文知識・国際業務で採用した社員が、更新のたびに1年しか許可されない。理由を掘り下げると、業務内容の説明が毎回同じ定型文で、入社後に担当範囲が広がった事実が書面に反映されていませんでした。

あわせて、住民税の納税証明書に一部未納が残っていました。本人は転職時の手続き漏れに気づいていなかったのです。

このケースでは、職務内容を具体的に記述した理由書と、納付を完了させた証明書を整えたうえで申請しています。
在留期間の判断は個別事情によりますが、説明されていない事実は評価されないという点は共通します。

許可後・不許可時にやるべきこと

更新が不許可となった場合

不許可となった場合、入管の窓口で理由の説明を受けることができます。理由を正確に把握したうえで、事情が変わっているのであれば再申請を検討します。

在留期間内に出国の準備が必要な場合には、「特定活動（出国準備）」への在留資格変更が案内されることがあります。不許可の場合、更新手数料は発生しません。手数料は許可される際に収入印紙で納付する仕組みだからです。

許可後に必要な届出

許可が出て終わりではありません。以下は入管法上の義務です。

• 所属機関等に関する届出：転職・退職、会社の名称や所在地の変更があったときは、14日以内に届出（入管法第19条の16）
• 住居地の届出：引越しから14日以内に市区町村へ
• 在留カードの記載事項変更：氏名・国籍等に変更があったとき
• 次回更新の準備開始：満了の3か月前から申請可能。遅くとも45日前までの申請を目指します

特定技能の場合は、受入機関による定期届出・随時届出も必要です。届出の履行状況は、次回の在留期間の判断にも関わります。

自社で申請する場合と申請取次行政書士に依頼する場合

どちらを選ぶかは、社内の人的リソースと、想定されるリスクの大きさで判断してください。

※費用は目安であり、事案の内容により幅があります。

申請取次行政書士の業務は、法律上は「申請の取次」です。本人に代わって申請書等を提出する制度であり、法律上の代理とは異なります。

得られるのは書類作成の代行ではありません。採用予定日や入社日に間に合うよう手続きが進み、経営者が本来の業務に集中できる状態です。

よくある質問

2026年9月中に申請すれば、旧手数料の6,000円で済みますか？

はい、そうです。前回2025年4月の改定では申請の受付日が基準とされ、改定前に受け付けられた申請には旧手数料が適用されました。今回の基準は政令および入管庁の案内で確定します。なお更新申請は満了の約3か月前からしか出せないため、在留期限が2027年1月以降の方は9月中に申請できません。

※令和８年９月３０日までに行われた申請に対する許可については、当該申請に係る許可が令和８年１０月１日以降となっても、改定前の手数料の額を納付することとなりますので御留意ください。
こちらが入管から発表されました。

手数料は会社と本人のどちらが負担すべきですか？

法令上の定めはなく、当事者間の取り決めによります。実務では会社負担とする例が多く見られますが、改定により金額が大きくなるため、雇用契約書や社内規程で事前に明文化することをおすすめします。曖昧なまま運用すると、値上げ後にトラブルの原因となります。

学歴・専攻と職務内容が一致しない場合、更新はどうなりますか？

技術・人文知識・国際業務では、専攻と職務の関連性が審査されます（上陸許可基準省令）。ただし完全一致が求められるわけではなく、履修内容と業務の接点を具体的に説明できるかが実質的な分かれ目です。入社後に担当が変わった場合は、その経緯を書面で示す必要があります。

社員が転職しました。更新はどうなりますか？

転職から14日以内に「所属機関等に関する届出」が必要です。同じ在留資格で働ける業務内容であれば更新申請自体は可能ですが、新しい勤務先での業務が資格に該当するかが改めて審査されます。判断に迷う場合は、事前に就労資格証明書の交付を受けておく方法があります。

退職期間が空いている場合、更新に影響しますか？

影響し得ます。在留資格に該当する活動を3か月以上行っていない場合、在留資格の取消し対象となることがあります（正当な理由がある場合を除く）。求職活動を継続していた事実や、その間の生計の状況を説明できるよう資料を整えておくことが重要です。

過去に交通違反や不許可歴がある社員の更新は可能ですか？

一律に不可となるわけではありません。ただし素行や在留状況は審査の考慮要素です。反則金の未納がないか、違反が反復していないかを確認し、事実関係を隠さず説明したうえで、現在の就労実態と納税状況を的確に立証する方針が基本となります。

外国人社員が家族を呼び寄せる場合も手数料はかかりますか？

海外から呼び寄せる際の在留資格認定証明書交付申請には手数料がかかりません。ただし来日後の家族滞在の更新は改定の対象です。配偶者と子2人を帯同していれば、本人分に加えて3名分の手数料が発生します。人数を含めた年間見込みの把握をおすすめします。

申請から許可までどれくらいかかりますか？

更新申請の標準処理期間は2週間から1か月程度が目安とされていますが、時期や管轄局、事案の内容によって変動します。書類の追加提出を求められればさらに延びます。在留期限の3か月前から準備を始め、遅くとも45日前までの申請を目安としてください。

まとめ｜値上げは「更新回数を減らす」設計で吸収する

2026年10月の改定で、在留資格の更新・変更手数料は在留期間に応じた段階制へ移行します。1名あたり数千円だった負担が、数万円の単位になります。

しかし本質的な論点は金額そのものではありません。短い在留期間を繰り返す状態が、そのまま高コストに直結する構造になったという点です。

在留期限の棚卸し、納税・社会保険の履行状況の点検、職務内容の書面化。この3つは、手数料対策であると同時に、適正な労務管理そのものです。

当事務所は全国オンラインで申請に対応しており、東京出入国在留管理局をはじめ、名古屋・大阪・福岡など各地方出入国在留管理局への申請に対応しています。

来年度の採用計画に、この増額分は織り込めていますか
在留期限の一覧をお送りいただければ、9月中に動ける社員の切り分けと、改定後の年間手数料の見込み額をご提示します。
まずは無料で、自社の状況をご確認ください。